Органи Универзитета су:
- Управни одбор, орган управљања;
- Сенат, стручни орган;
- Директор и Ректор, органи руковођења;
- Управни одбор је орган управљања на Универзитета, који има сљедеће надлежности:
- утврђује научно-истраживачку, образовну и развојно-инвестициону политику и стратегију Универзитета;
- даје мишљење о Статуту Универзитета и другим општим актима када је утврђено законом или овим Статутом;
- доноси правилник о унутрашњој организацији и систематизацији радних мјеста на приједлог ректора;
- утврђује планове финансирања и развоја, на приједлог директора и утврђује годишњи обрачун;
- доноси годишњи програм рада, на приједлог Сената Универзитета;
- доноси финансијски план и усваја годишњи извјештај о финансијском пословању Универзитета;
- разматра финансијски план и извјештај о пословању чланице Универзитета;
- утврђује висину школарине и уписнине за студенте свих циклуса студија;
- усмјерава, контролише и оцјењује рад ректора и директора у домену финансијског пословања;
- предлаже Сенату разрјешење ректора Универзитета;
- одлучује о кориштењу средстава преко износа утврђеног финансијским планом;
- одлучује о приговору запослених на одлуке органа Универзитета који су у првом степену одлучивали о правима, обавезама и одговорностима запослених из радног односа;
- подноси Министарству и оснивачу најмање једанпут годишње извјештај о пословању Универзитета;
- доноси одлуку о формирању и укидању организационих јединица на Универзитету на приједлог Сената и даје сагласност на Статут организационих јединица у складу са својим надлежностима;
- доноси опште акте из области материјално-финансијског пословања Универзитета, те из области рада и радних односа;
- обавља и друге послове у складу са законом, актом о оснивању, Статутом и Пословником о раду Управног одбора.
- Одговорност за пословање Универзитета сносе оснивач, Управни одбор и директор.
- Одлука Управног одбора је коначна, те се против исте може покренути управни спор пред надлежним органом.
2. Одговорност за академска питања Универзитета има Сенат, као стручни орган Универзитета и највише академско тијело, које чине представници академског особља и студената.
Сенат Универзитета одлучује о свим академским питањима, а посебно:
- одлучује о питањима наставне, научне, умјетничке и стручне дјелатности Универзитета;
- доноси Статут уз претходно прибављено мишљење Управног одбора и сагласност Министарства;
- даје сагласност на Статуте организационих јединица Универзитета;
- именује чланове Управног одбора и реда академског и административног особља;
- доноси стратегије развоја и квалитета Универзитета, уз прибављено мишљење оснивача и Управног одбора;
- утврђује јединствене стандарде рада организационих јединица;
- доноси опште акте у складу са Законом и Статутом Универзитета;
- доноси студијске програме првог, другог и трећег циклуса студија;
- бира и разрјешава ректора и проректоре Универзитета;
- објављује конкурс за избор наставника и сарадника и врши избор академског особља на приједлог наставно-научног и наставно-умјетничког вијећа организационе јединице;
- именује комисије у поступку стицања доктората наука;
- даје сагласност на извјештаје у поступку стицања научног звања доктора наука;
- додјељује почасна звања професор емеритус, те звање почасног доктора наука;
- предлаже надлежном министарству број студената за упис у прву годину студија;
- утврђује одговорне наставнике и сараднике прије почетка сваког семестра на приједлог наставно-научног вијећа организационе јединице.
- даје приједлог Управном одбору за оснивање и укидање организационих јединица Универзитета;
- доноси правила студирања;
- усваја извјештај о самовредновању Универзитета;
- обавља друге послове у складу са Законом, овим Статутом и другим општим актима Универзитета;
3. Ректор Универзитета, обавља сљедеће послове:
- заступа и представља Универзитет у домену академских питања, а у оквиру надлежности утврђених законом, овим Статутом и општим актима;
- организује и руководи радом Универзитета и одговоран је за законитост рада;
- доноси појединачне акте у складу са законом и Статутом и општим актима Универзитета;
- предлаже опште акте у складу са законом и Статутом;
- предлаже проректоре Сенату Универзитета;
- предлаже органима Универзитета мјере за унапређење рада и ефикасно и законито обављање дјелатности;
- именује и разрјешава декане, на приједлог Наставно-научног вијећа факултета, уз сагласност оснивача;
- у сарадњи са директором, предлаже Управном одбору, основе планова рада и развоја Универзитета;
- предлаже Управном одбору правилник о унутрашњој организацији и систематизацији радних мјеста, по претходно прибављеном мишљењу организационих јединица Универзитета;
- извршава одлуке Управног одбора, оснивача и других органа Универзитета;
- предлаже план рада и развоја Универзитета, Управном одбору;
- одлучује о правима, обавезама и одговорностима запослених из радног односа и ангажованог особља у настави;
- одлучује о радном статусу академског особља на приједлог Наставно-научног вијећа организационе јединице;
- извршава финансијски план;
- учествује у раду Ректорске конференције Републике Српске и Ректорске конференције БиХ и
- обавља и друге послове у складу са утврђене Законом, овим Статутом и другим општим актима Универзитета.
Директор је пословодни орган Универзитета и заступа и представља Универзитет, без ограничења, а у оквиру надлежности утврђених законом, овим Статутом и општим актима Универзитета, уз могућност преношења својих овлаштења за заступање.
У остваривању функција руковођења, директор Универзитета:
- организује и руководи радом стручни служби и води пословање Универзитета;
- на основу упутства и одлука Управног одбора, самостално или у консултацијама са ректором, те у складу са општим актима Универзитета доноси одлуке, рјешења и друге подзаконске акте и закључује уговоре;
- активно учествује у креирању политика, израде нацрта програмских, планских, развојних и других докумената Универзитета;
- припрема сједнице и учествује у раду Управног одбора;
- доноси одлуке о запошљавању и распоређивању запослених у стручним службама;
- доноси организационе прописе и упутства за рад и
- обавља друге послове Универзитета у складу са законом.